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要将iPhone中已删除的短信恢复出厂设置，实际上是无法直接恢复的，因为短信一旦被删除，就从设备的本地存储中移除了。但是，如果有备份，可以通过以下步骤恢复。
1、使用iTunes备份恢复：
* 连接iPhone到电脑。
* 打开iTunes，选择设备，然后点击“恢复备份”。
* 选择包含短信的备份文件进行恢复。
2、使用iCloud备份恢复：
* 登录iCloud官网，点击“设置”选项。
* 输入Apple ID和密码，选择“iCloud备份”。
* 选择最近的备份进行恢复。
若未备份便删除了短信，那么恢复的可能性较小，但可以尝试使用第三方数据恢复软件，但这可能需要越狱，并且存在一定的风险，建议在使用前充分了解相关风险。
恢复已删除的短信可能涉及到个人隐私和数据安全，建议在操作前确保了解所有可能的风险和后果，如果遇到困难，建议咨询苹果官方客服或专业技术人员获取帮助。